La Línea de Fitosanidad centra su trabajo en identificar y caracterizar a los patógenos causantes de enfermedades en los cultivos y evaluar alternativas sostenibles para su prevención y control.

Sus principales líneas de investigación son identificar bacterias causantes de enfermedades en los cultivos, utilizando técnicas microbiológicas, bioquímicas y moleculares. Caracterizar bacterias fitopatógenas y benéficas, en cuanto a diversidad, resistencia a productos antimicrobianos y virulencia mediante análisis genéticos, genómicos y pruebas de laboratorio y en plantas y determinar de razas de Fusarium oxysporum presentes en Chile.